Nas duas soluções vc comenta a possibilidade de copiar o arquivo para outro lugar isso cria uma serie de problemas alguns seriam, versionamento, espaço duplicado. Pensando nisso qual seria a vantagem de utilizar qualquer uma das tecnicas, segurança???
Se a pessoa que estiver acessando o site não tiver o direito de upload, não a quebra de segurança, portando não teria a necessidade da copia.
Mas se tudo isso é um problema, pq não guardar tudo no banco de dados.
