Renata,
Parte da instalação do SQL Server é padrão para todas as instância e outra parte é isolada para que seu funcionamento seja independente.
Veja na tela de instalação que você poderá modificar o local da instalação da instância, mas não do SQL Server.

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Abraços,
Durval Ramos
Microsoft Partner | MTA | MCSA - SQL Server 2012 | MCSE - Data Platform
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