Bom dia Bruno,
Você terá de fazer via WebDeploy ok.
Veja aqui um tutorial passo-a-passo de como fazer isso, e publicar diretamente na sua pasta no Azure
https://msdn.microsoft.com/pt-br/library/Dn449970.aspx
Att, Lucio Rogerio
Espero ter ajudado, se ajudei, por favor "
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