Camila,
É possível armazenar qualquer tipo de documento (arquivo) no SharePoint. Acontece que alguns tipos de arquivos (extensão) são bloqueados por padrão como EXE e outros. Mas isso é configurável na Administração Central.
Por falar em ZIP, vc pode utilizar um recurso chamado Conjunto de Documentos (Document Set) e aí vc pode armazenar os documentos do zip em um lugar que é parecido com uma pasta, mas permite versionamento do conjunto de documentos e até rodar workflow sobre
esse conjunto. Neste cenário vc não utilizaria o zip e sim os documentos descompactados. Dê uma olhada em Conjunto de Documentos, é bem interessante para alguns cenários.
Atenciosamente,
Fabian André Gehrke
MCITP e MCPD SharePoint 2010
http://fabiangehrke.com.br