Bom dia,
Também gosto da ideia de centralizar todo o possível em uma ferramenta. Em relação a modelagem de BDs, particularmente, eu uso o próprio Management Studio que faz isso muito bem.
Mas no Visual Studio você pode criar um projeto do tipo SQL Server DataBase Project. Em File > New Project selecione a template SQL Server em Other Languages.
Espero que tenha esclarecido.