Tenho um sistema que estava em um web site e migrei ele pra web application. Contudo tenho problemas ao publicar a aplicação porque os relatórios não são publicados juntamente com o restante do código.
Isso só acontece se eu mudar a configuração para publicar todos os arquivos, mas ai é inviável deixar os arquivos fonte no servidor.
Tente copiar os arquivos do relatório por ftp para o caminho onde os forms estão referenciando o mesmo, dessa forma você não precisa expor seu código fonte, e provavelmente funcionará.