Imagino que você esteja se referindo ao ClickOnce. Nesse caso, você poderia redirecionar o tráfego do servidor original para o servidor de contingência através do WINS e/ou DNS da rede interna.
Por exemplo: Imagine que seu servidor de produção chama-se serv-app. Seu ClickOnce está configurado para buscar atualizações em \\serv-app\minha_app. O endereço IP do servidor serv-app é 10.1.1.1, e há uma entrada no WINS mapeando serv-app para 10.1.1.1.
Se você precisar ativar a contingência (que está no servidor serv-backup, IP 10.1.1.2), basta redirecionar, no WINS, o registro serv-app para 10.1.1.2. Dessa forma, nenhum cliente jamais perceberá a mudança. Esse mesmo procedimento se aplica a uma rede sem WINS mas com DNS.
Se sua rede não tiver WINS nem DNS, pode editar o arquivos %windir%\system32\drivers\etc\hosts no servidor Citrix, de modo a mapear o servidor para o IP correto.
