Oi Fernando,
bom, existem algumas formas mas nenhuma é "bonita".
1) Criando um novo Team Project e importado o código.
2) Usando a Ferramenta "TFS Integration Platform" que está no Codeplex: http://tfsintegration.codeplex.com/
3) Realizando a Migração destes componentes na mão. Criando um novo Team Project e importando todos os componentes anteriores. Veja aqui: http://almsweden.com/2012/11/migrating-scrum-for-team-system-3-x-to-ms-scrum-2-0/
Neste post o pessoal discute sobre isso: http://stackoverflow.com/questions/3823864/steps-for-changing-process-template-for-an-existing-project-in-tfs-2010
Mas sinceramente Fernando, não é fácil. Acho que o mais bacana é criar um novo Team Project no Template que você deseja e então importar o Source Control.
Abraços!
Alan Correa Morais [MCTS - Visual Studio 2010 Team Foundation Server, Administration]