Ol'a Felipe,
Uma Orchestration do Biztalk pode chamar um WF criando uma instancia dele usando uma expression shape, ou expondo o seu WF como um WebService e fazendo uma chamada dentro da orchestration. Lembre-se de que somente um WF que usa o WebServiceReceive activity pode ser publicado como WS, senao vc vai ficar tentando e nao vai conseguir. Considere tambem os diversos fatores que envolvem o inicializacao, carga e persistencia do WF.
Durante o TechEd2007 eu vi uma apresentacao do Jon Flanders a qual demonstra como usar um Adapter que ainda eh beta http://blogs.msdn.com/pandrew/archive/2007/06/04/biztalk-adapter-for-windows-workflow-foundation-sample-june-2007-ctp.aspx
para hospedar WF workflow no Biztalk2006R2.
At'e mais,
Marconi