Cristiano,
De alguma forma neste caso dentro da sua aplicação você teria que ter uma ferramenta que execute o Script de criação de toda estrutura do banco de dados que este novo cliente deverá ter.
O importante é que esta ferramenta consiga acessar o SQL Server e tenha a permissão necessário para executar e poder criar os respectivos objetos, principalmente o Banco de Dados, para isso você terá que tomar cuidado pois o nível de permissão para criar
um banco de dados não é atribuído a qualquer usuário!
Talvez este tipo de ferramenta não deve ficar dentro da sua aplicação, na verdade venha a ser uma outra ferramenta dentro do seu conjunto de soluções que apresente esta finalidade específica!!!
Particularmente eu vejo que isso pode ser feito de diversas formas, até mesmo através de ferramentas como SQLCMD, BCP ou criar suas próprias ferramentas.
Pedro Antonio Galvao Junior [MVP | Microsoft Evangelist | Microsoft Partner | Engenheiro de Softwares | Especialista em Banco de Dados | Professor Universitario | SoroCodigos | @JuniorGalvaoMVP | http://pedrogalvaojunior.wordpress.com]