Acredito que você esteja falando da retenção de PIS e COFINS no pagamento.
Para que ela ocorra, você deve configurar os código de retenção de imposto, criar um grupo de retenção e amarrar a aba configuração do fornecedor.
No momento do lançamento da ordem de compra deste fornecedor, certifique-se que o checkbox de retenção esteja marcado no cabçalho da ordem.
Quando fizer uma proposta de pagamento ou selecionar para pagamento, o AX deve mostrar um poup-up com os dados da retenção.