Para Desktop você usaria do método
Start contido no namespace
System.Diagnostics.Process aonde é informado o caminho do programa a ser executado, exemplo:
System.Diagnostics.Process.Start("C:\Windows\System32\calc.exe");
Agora quanto a rodar um programa na Web, não entendi muito bem, você quer que o usuario clique em um botão na sua pagina Web e abra um programa (Ex.: Calculadora) no computador, ou no servidor ?
Vitor Mendes | Seu feedback é muito importante para todos!
Visite o meu site: http://www.vitormendes.com.br/