Rafael, bom dia.
Em relação ao campo auto incremental, você só pode ter um por tabela. Porém, talvez a Sequence te atenda.
Se você estiver usando o SQL 2012 ou superior, dê uma olhada nela. Você pode criar uma sequence para o CodigoEmpresa e outra para o Codigo.
http://www.linhadecodigo.com.br/artigo/3403/diferencas-entre-sequences-x-identity-no-microsoft-sql-server-2012.aspx
http://www.linhadecodigo.com.br/artigo/3378/utilizando-sequences-no-microsoft-sql-server-2012.aspx
Acredito que esses links te ajudem.
Mariana Del Nero /* Se a resposta foi útil, não esqueça de marcá-la */