Rafael,
Ocorre este problema porque no pacote do SSIS, a tarefa processa todos os registros antes de finalizar o processo, alocando os dados processados na memória.
No outro caso, quando você executa pelo SSMS, o processamento não armazena a execução em buffer, todo o processo executado é escrito em log e (dependendo das configurações de seu editor ou do contexto onde o script
T-SQL está sendo executado) pode ocorrer o output direto dos dados. Com isto, a memória é "reciclada" para uso deste processamento ou de outros que sua instância SQL possa estar gerenciando.
Recomendo que você crie um passo intermediário, alimentando os dados agregados em uma tabela apenas para "swap" de dados (você deve truncar e manipular esta tabela exclusivamente para esta operação). Todo
este processo pode ser executado em uma tarefa "Execute SQL" antes das demais ou então em um job separado (agendado antes do processo deste pacote).
Para maiores informações veja:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms138031.aspx
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms177673.aspx
http://technet.microsoft.com/pt-br/library/ms141003(v=sql.110).aspx
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Abraços,
Durval Ramos
Microsoft Partner | MTA | MCSA - SQL Server 2012 | MCSE - Data Platform
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