Olá!
Você quer separar de maneira física ou lógica? Para separar de maneira lógica basta alterar o arquivo App_Start\WebApiConfig.cs altere conforme abaixo:
de:
config.Routes.MapHttpRoute(
name: "DefaultApi",
routeTemplate: "api/{controller}/{id}",
defaults: new { id = RouteParameter.Optional }
);
para:
config.Routes.MapHttpRoute(
name: "DefaultApi",
routeTemplate: "api/v1/{controller}/{id}",
defaults: new { id = RouteParameter.Optional }
);
Até mais
Douglas Costa