Para vc é o Integration Services será muito util para o seu trabalho...
Pelo jeito vc deve usar muito DTS, Bulk Insert, MCT, CSV e excel. Com o SSIS vc vai poder tratar e movimentar todos os seus dados, criar checkpoints para os erros, conversões, agendamentos de carga, etc...
veja esse link.
http://msdn2.microsoft.com/en-us/library/ms141026.aspx
Abraço