Neste caso sim. Em um ambiente onde há a comunicação entre a empresa e seus fornecedores ou clientes (B2B), o uso do certificado mútuo (como eu mostrei no artigo) é o mais ideal, já que WCF necessita proteger a mensagem de alguma forma.
Há ainda outras formas onde o uso do certificado não é utilizado, como é o caso de uma Intranet. Mas nem sempre esse é o cenário.