Existe o Instalador Nativo do .net e também o Inno Setup. Já usou o Inno Setup? http://www.jrsoftware.org/isinfo.php . Ambos devem ter a opção de receber parametros de Input.
De qualquer forma, a minha sugestão seria permitir o usuário alterar isso através de um Menu Configurações ou Ajuda, até porque se um dia esta configuração mudar, eles não terão que remover o programa e instalar novamente. O programa tenta se conectar no
StartUp, porém a qualquer momento o usuário poderia alterar estes parametros de conexão. Vai que você mude de provedor de rede, de host, etc...
Após o usuário informar a conexão você tenta conectar novamente.
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