Estou tentando fazer com que ao clicar fora de um formulario/aplicação o timer fique false;
não encontrei um evento parecido como Lost Focus, e o evento Leave não funciona.
Assumi que você está usando Windows Forms. Se for esse o caso, você pode usar o evento Deactivate do Form.
private void Form1_Deactivate(object sender, EventArgs e) { // Parar timer }
Você pede utilizar o timer1.Stop() ;
Caso não entenda leia isso :
https://msdn.microsoft.com/pt-br/library/system.windows.forms.timer.stop(v=vs.110).aspx