Kublai,
Todo o armazenamento dos dados referentes a sua Web Application no SharePoint ficam dentro do banco de dados SQL.
Em relação, ao banco de dados de conteúdo, eu fortemente recomendo a
NÃO fazer alterações diretamente no banco.
Para entender mais sobre os tipos de banco de dados do SharePoint recomento os seguintes links:
SharePoint 2010:
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc678868.aspx
SharePoint 2007:
http://technet.microsoft.com/pt-br/library/cc678868(office.12).aspx
Abraços
Rodrigo A. Romano
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Sharepoint Specialist
Microsoft MCP e MCTS
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http://rodrigo-romano.spaces.live.com
http://www.canalsharepoint.com.br
http://www.doneit.com.br
Rodrigo A. Romano