Tu poderia criar um script que criasse essas pastas. aí seria só rodar o script e pronto.
tu pode tanto fazer um console application que faça isso qnto simplesmente criar um .bat.
se for só a pasta que é criada, não entendi se é somente a pasta ou se a aplicação copia alguma coisa pra dentro da pasta. mas de qualquer forma é possível criar scripts pra fazer isso. tu pode inclusive criar um script e mandar que ele seja executado no post-build da aplicação. para que ao terminar o build ele já rode esse script e crie os diretórios necessários.
Espero que isso lhe ajude