Luiz,
Acredito que seria interessante criar sim uma lista personalizada no SharePoint onde você define todas as informações do projeto a ser criado.
Com isso você poderá criar uma aplicação que leia de sua lista personalizada e insira estes dados via web service no EPM, através do PSI (Project Server Interface), que é um conjunto de web services responsáveis
por fazer a interação com o EPM, como por exemplo criar projetos, tarefas, recursos, atribuições, etc.
Matheus Dias
http://matheusdev.blogspot.com
Desenvolvimento .NET/SharePoint