Olá Rodrigo
Pelo que descreveu, acredito que se você copio todo seu ASP.NET Application para a pasta do IIS (incluindo os fontes) irá dar esse erro.
Tente realizar a publicação por meio do Publish do Visual Studio (Botão direito sobre o projeto).
Atenciosamente,
Raphael A. F. Cardoso
Blog: www.csharpbrasil.com.br
Twitter: @csharpbrasil / @ferronicardoso
“Se um dia você tiver que escolher entre o mundo e o amor, lembre-se: Se escolher o mundo ficará sem amor, mas se você escolher o amor, com ele conquistará o mundo” (Albert Einstein)
