Você está enviando os parâmtros de que forma?
Você está setando o valor para as variáveis, como no exemplo abaixo?
'{variavel1:"' + "valo'r\"1" + '", variavel2:"' + "valor2" + '"}'
Resultado: {variavel1:"valo'r"1", variavel2:"valor2"}
Você pode usar o escape do javascript, que fazo mesmo trabalho que UrlEncode
'{variavel1:"' + escape("valo'r\"1") + '", variavel2:"' + escape("valor2") + '"}'
Resultado: {variavel1:"valo%27r%221", variavel2:"valor2"}
No caso de usar apenas C# e não javascript, você pode usar o UrlEncode para envolver os parâmetros, talvez isso ajude.