Boas Sandra,
Aqui vai depender muito se o WhatsApp tem uma API disponível para chamarmos, se tiver então podemos fazer alguma coisa, por exemplo num plugin ou numa custom activity chamar esse WebService sem problemas.
Espero ter ajudado.
Se respondi a sua pergunta por favor marque como resposta e\ou como útil.
Pedro Azevedo Dynamics Crm Specialist 4.0\2011\2013\2015\2016 and CRM Online