Ronald,
Quando trabalhamos com replicação transacional, obrigatóriamente o SQL Server realiza a replicação dos dados e não da estrutura dos dados.
Para que eu novo índice ou constraint possa ser replicado isso normalmente ocorre durante a execução dos agentes responsáveis em montar a estrutura da replicação. O que você poderia fazer e executar novamente
estes agentes, forçando a reconstrução da sua estrutura.
Mas o importante é entender que a replicação transacional replica somente os dados manipulados durante o processo de execução deste modelo de replicação.
Pedro Antonio Galvão Junior [MVP | Microsoft Evangelist | Microsoft Partner | Engenheiro de Softwares | Especialista em Banco de Dados | SorBR.Net | Professor Universitário | MSIT.com]