Bom dia Eder!
Existem duas possibilidades:
1 - Você pode especificar o COLLATE que quer usar na consulta. Por exemplo
SELECT * FROM t1
INNER JOIN t2
ON t1.c1 COLLATE Latin1_General_CI_AS = t2.c1 COLLATE Latin1_General_CI_AS
2 - Alterar o COLLATE da coluna, usando ALTER TABLE:
ALTER TABLE t1
ALTER COLUMN c1 VARCHAR(50) COLLATE Latin1_General_CI_AS
http://msdn.microsoft.com/pt-br/library/ms190273.aspx
A segunda opção deve ser melhor estudada, pois ela pode afetar outras consultas da aplicação.
Espero ter ajudado.
