Cássio,
A aplicação deve ter um utilitário para a reindexação do banco de dados e esse utilitário deve ser apto a recuperar arquivos corrompidos. Pelo menos é isso que espero de uma aplicação FoxPro. Aqui não colocamos nenhuma aplicação em produção sem que esta tenha esse utilitário.
Caso não tenha o reindexador, no Visual FoxPro9 você pode diminuir o nível de crítica às tabelas, abrir a tabela, reindexá-la e depois voltar o nível de crítica para o padrão.
Set TableValidate To
0 && Desabilita a crítica às tabelas
Use Cliente && Abrir cada uma das tabelas
Reindex && e Reindexar
Set TableValidate To 3 && Restaura a crítica às tabelas
Se o problema for no arquivo .DCT e não nas tabelas, então terá que restaurá-lo de um backup - neste caso o indexador de arquivos será necessário para que as tabelas(que não foram restauradas) voltem a ser compatíveis com os arquivos DBC, DCT e DCX.