Cara,
Você precisa registrar a sua aplicação. Utilizamos o Microsoft.Win32.RegistryKey, segue dois exemplos em C#:
http://social.msdn.microsoft.com/Forums/pt-BR/vscsharppt/thread/449e0dd2-bd3b-4bac-8121-cab66c639c7f
http://technicarticles.wordpress.com/2010/08/18/programainiciacomwindows/
Atenciosamente, Samuel dos Anjos