Na verdade, não tem como você "não carregar esses arquivos", já que o WebResource.axd é um "cato" de tudo que a página asp.net precisa para funcionar em cima das suas classes.
Já o ScriptResource é a mesma coisa, só que para a parafernalha do ajax.
Então, se o erro está sendo em um desses caras (provavelmente é o scriptresource) pode ser algum problema com versão do ajax no servidor (o que não deveria ser necessário), mas enfim, é uma tentativa.
http://forums.asp.net/t/1244764.aspx?Ajax+control+toolkit+need+to+install+on+server+computer+
http://forums.asp.net/p/1244278/2295404.aspx#2295404
