Oi Leandro,
Recomendo utilizar um projeto de banco de dados no Visual Studio mesmo.
Daí você versiona o Schema de um determinado banco. Faz alterações nele e, para versionar essas alterações, basta usar o Schema Compare, comparar os Schemas entre o banco versionado o e banco local.
Dessa forma, ele gera scripts diferencias para seu banco e aí é só dar check-in!
[]'s
Ricardo Serradas
Visual Studio ALM in a nutshell - http://blog.ricardoserradas.net
@ricardoserradas
