Bom dia,
Na minha opinião, a vantagem de ter um código proprietário é a possibilidade de fazer aplicações com regras de negócios definidas, pois a utilização de CMS é para automatizar um processo e que muitas vezes não possui regras de negócio complexas.
Por exemplo, utilizando .net eu posso fazer uma regra de negócio que faz um processamento na aplicação, depois faz a comunicação com o banco de dados e com o seu retorno, é feita alguma ação específica.
Mas há vantagens em utilizar um CMS também e uma delas, é a possibilidade de permitir ao cliente fazer as alterações em seu sistema.
Abs.
Bruno Destro
Dicas de programação em .net, C# e SQL - http://smcode.com.br/blog.aspx