FTPサーバーがLISTコマンドで返すテキストデータの構造次第としか言いようがないのですが、そこに Hidden や ReparsePoint であることがわかる情報が含まれていれば、確認可能です。
含まれていない場合、FTPのプロトコル範囲内では判定方法がありませんので別の何かを考えない限り対応はできないと思います。
具体的にどのような情報が返せるかは、FileZilla のリファレンスを参照してください。また、含めることができた場合、どういうテキストデータとして取り出せるかは、実際に接続してLISTコマンド(WebRequestMethods.Ftp.ListDirectoryDetails)のテキストを見て判定方法を検討することになると思います。
とっちゃん@わんくま同盟, Visual Studio and Development Technologies http://blogs.wankuma.com/tocchann/default.aspx