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.Net Frameworkに含まれるEXE,DLLの配布について

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ライセンスについては、佐祐理さんが書いているので省略。
>インストーラにInstallUtil.exe
この部分、おそらくカスタム動作を実行したいもしくは、サービスを登録したいということだと思われます。
インストーラに何を用いているのかわかりませんが、VSのセットアッププロジェクトを使っているのであれば、カスタム動作を登録すると自動的にIntsallUtilに相当する専用のモジュールを使って、カスタム動作を実行してくれます。
詳しくは、MSDNライブラリ(ヘルプですね)で、「カスタム動作」についての記述をお読みください。それ以外で、InstallUtilを実行環境で使いたいという条件が思い浮かばないんで。。。
VSセットアッププロジェクトではないインストーラを使っている場合は、何を使っているかなどより具体的なことを書いて質問すれば、適切な回答を得られる可能性が上がります(確実ではありません)。
わんくま同盟,Microsoft MVP for Visual C++(Oct 2005-) http://blogs.wankuma.com/tocchann/