インストーラはどのように作成したのでしょうか?
VS2010はちょうど過渡期なこともあり、VSセットアッププロジェクトを使って作っている場合と、それ以外(InstallShield Limited Edition やその他のインストーラ作成ツール)を使っている場合があります。
それによっても状況が変わってきます。
あとは、インストール済みの .NET Framework のバージョンと、インストールしようとしている .NET Framework のバージョンについても記載があると第三者でも判断できると思います。
現状の情報だけでは、当事者しかわからない情報しかないため、第三者には判断できません。
もうすこし具体的かつ細かな情報があると回答が得やすいと思いますよ。
とっちゃん@わんくま同盟, Microsoft MVP for Visual C++ (Oct 2005-) http://blogs.wankuma.com/tocchann/