各層は独立しているので、ネットワークのハードによって勝手に変えられること言うことはないですよ。
電話で日本語というプロトコルを話す人どおしの通話で、途中の機器が勝手に英語に変換したら困りますよね？
各層でパッケージされた内容を下位層がどうやって運ぶかだけの違いですから、速さや効率が変わることはあっても違う層に影響を与えることはありません。
＃違う層に階層に影響を与えないからこその階層化です。
たとえば、フラグメントが発生し、下位層で小包の分割とか詰め直しなどということは発生します。これは、上位層で梱包された小包（パケット）を運ぶとき、小さいトラックでバラバラに発送するとか、貨物列車で拠点間を一気に運ぶとかの影響です。
イメージとしては、下位層の種別（たとえばトラック使うとか、飛行機使うとか）とかルータの効率（荷捌き場の手際よさとか作業員の能力）とか、回線の品質（道路の整備状況が悪くてノロノロ運転しないといけないとか）などで届く速度が変わってきたりします。（あくまで、パケットを運ぶ速さの問題であり、プロトコルの問題ではありません）
ちなみに、くどいようですが、プロトコルの効率の違いはありますが、これは一般的に距離によって変化する類のものではありません。
距離に関連するのは、あくまで小包を運ぶときの問題であり、小包をどう梱包してあて名書きするか（つまりプロトコル）ではあまり影響しません。
＃TCP/IPの上で動作するプロトコルを選択しているのですから、さらに下位層がTCP/IPより上位層に影響を及ぼすことは基本的になく、純粋にTCP/IPの転送効率になります
>上記の接続の場合、ＯＳＩの第五層はネットワークのハードによってかわるという認識であっていますでしょうか？
>例としてあげられるものがあれば教えていただけるとありがたいです
出入りの業者などのパートナーさんはどのような意見をおもちですか？
具体例や認識の確認などは、有料のサポートかコンサルテーションしてもらった方が速いように存じます。
質問者さんがどのような認識なのかはわかりませんが、文章だけ見ると正直な感想は「?」です。
なぜ下位層が上位層のプロトコルを変えてしまうのか、私には理解できませんでした。
「速度」なら変わるかもしれませんが、この辺りの述語や目的をを的確に掲示板で表現し伝えきるのは大変なため、他の手段で意思疎通できるサポート契約をお勧めします
