「プリコンパイル済みヘッダーを使わない」の設定はプロジェクトのプロパティだけでなく、各ファイルに対しても存在します。また、それぞれのプロパティは構成毎、プラットフォーム毎に設定が行えます。
ある特定の構成・プラットフォームに対して設定を行っていても、それとは異なる構成・プラットフォームに対してビルドを行えば、その設定は反映されないわけです。
以上を参考に、設定漏れがないかを確認してみてください。
尚、構成とプラットフォームについては全ての構成・全てのプラットフォームという選択肢がありますので、こちらを使用すると設定漏れが発生しにくいです。また「プリコンパイル済みヘッダーを使わない」よりは「<inherit from parent or prooject defaults>」(日本語だとどう訳されてたかな…)の方がおすすめです。