Windows PKI blogのMSFTからのコメントをgoogle翻訳すると、
「Windowsは、署名のほかにルート証明書を検証するために他の手段に依存しているため、SHA1の非推奨ポリシーは、 SHA1のルート証明書には影響しません。」
だそうです。
また、Japan WDK Support Blogからはカーネルモードおよびユーザーモードドライバーに対しては、 SHA-1廃止ポリシーによるドライバ署名について直接的な影響はない、と言及されています。 Windows PKI blog http://blogs.technet.com/b/pki/archive/2013/11/12/sha1-deprecation-policy.aspx
Japan WDK Support Blog http://blogs.msdn.com/b/jpwdkblog/archive/2015/09/18/windows-10-sha-1.aspx