質問者さんが出てこなくてこのまま放置状態になりそうなので、表題どおり IIS 7 で先のレスの画像の IIS Manager で匿名認証・Windows 認証の有効 / 無効を設定するときの話としてレスしておきます。
IIS 6 と IIS 7 の違いは、IIS 7 (Windows Server 2008) では事前に役割の追加で [Windows 認証] と [IIS 6 メタベース互換] を有効にしておく必要があるところ以外は同じはずです・・・が、IIS 6 の設定は既に忘却の彼方で検証する環境も持ってないので 100% 同じとは言い切れませんが。
(1) 匿名認証の有効 / 無効
以下の記事に書いてあるように、"匿名認証を使用すると、どのユーザーもユーザー名とパスワードをクライアント ブラウザーで入力することなく、すべてのパブリック コンテンツにアクセスできます。 IIS 7 の既定では、匿名認証が有効です。" ということです。
匿名認証を有効にする (IIS 7)
https://technet.microsoft.com/ja-jp/library/cc731244(v=ws.10).aspx
無効にすると、Windows 認証など他の認証方式で認証されない限りコンテンツにはアクセスできなくなります。
逆に言えば、匿名認証を含めて全ての認証が無効になっている場合はコンテンツにはアクセスできません。試してみると分かると思いますが、ブラウザからアクセスすると HTTP エラー 401.2 - Unauthorized が返ってくるはずです。
(2) Windows 認証のみ有効
匿名認証を無効にして Windows 認証のみを有効にすると、当然ですが Windows 認証で認証を受けたユーザーしかアクセスできません。
Web サーバーもクライアント PC も Active Directory ドメイン環境に属していれば、統合 Windows 認証を利用してシングルサインオンが利用できます。
(3) 匿名認証・Windows 認証の両方が有効
上記 (1) に述べたとおり、ユーザーは認証を受けなくてもコンテンツにアクセスできます。
イントラネット内で統合 Windows 認証を利用してシングルサインオンが実現されているような環境では、両方有効にするというのは意味がないと思います。
ただ、サイトの入り口は匿名アクセスを許して、特定のフォルダは web.config でアクセス制限をかけるということはできるようです。（自分の環境でちょっと試しただけで、他の環境でも 100% 問題なくできると言い切る自信はありませんが）
