単純にExcelデータマイニングアドインはExcelデータをデータソースとするのでせいぜい100万件までのデータが対象になると思うので、エンドユーザーがちょっとした分析を行う場合に使い、Business Intelligence Development
Studioの場合はデータソースにSQLServerなどが選べるので数億件のデータが対象になったり、日次で再集計・再計算が必要な場合にジョブを組むなどが出来るので、もう少し"きちんと"システム化する場合など、状況によって使い分ければ良いと思います。