TFS ではフォルダーの移動や名前の変更はご質問のように、一旦区切られます。 これは TFS の仕様(設計)のようなので、その振る舞いを変えることはできません。
ファイル単位で履歴を見た時は、一段掘り下げた形で表示されるとはいえ、閲覧できるので実害は少ないと思います。 (フォルダー単位の履歴では途切れてしまうのが難ですが、その要望 に対しては今のところかなえられていない)