Excel2013ではWordの様に複数のファイルを開いた場合別々のウィンドウで開かれるようになりました。
その関係の弊害かなと思います。
ファイルを開く前にUnloadすれば問題ないようです。
Private Sub CommandButton1_Click()
Unload Me
Workbooks.Open ThisWorkbook.Path & "\Book2.xls"
End Sub
プログラム上先にUnloadするのが問題あれば、Hideで非表示にして後でUnloadすればいけそうです。
Private Sub CommandButton1_Click()
UserForm1.Hide
Workbooks.Open ThisWorkbook.Path & "\Book2.xls"
Unload Me
End Sub