自己解決しました。
このブログ記事「
signtool.exe returned error 0x800700C1」によると
デジタル署名は無効になっているけどバイナリファイル内にはまだ残っている
バイナリファイル内からデジタル署名を削除する必要がある。
delcertと呼ばれる実行ファイルとソースコードが下記サイトに公開されている
http://forum.xda-developers.com/showthread.php?p=2508061
管理者権限のあるコマンドプロンプトを起動して、下記を実行することでデジタル署名が除去される。
>delcert 対象実行ファイル
この後でSignTool.exeを使うとデジタル署名が付与されることが出来ました。