これも過去に似たような事をやった事があったので（ネイティブアプリでですが）
WinAPIだとJittaさんのあげられているようにフック系やEnum何々Windows系やGetWindow関数など
色々と候補はあるのですが
.NET Frameworkではどうかについては詳しく知らなかったので、コメントを控えていました
コメントを見た感じやっぱりそのものズバリはないようですね。
ただ、それらＡＰＩもそれぞれに微妙な制約があったり、例え特定の環境で正常に動いたとしても確実性という点で疑問符（ＭＳＤNに明記されていないゆえに、という意味）
だったり、ちょこっとした事をやりたいだけなのにシステムグローバルな方法で無駄にコストをかけすぎてしまったり、ちょっと気の利いた事をやろうとしたときに仕様上うまくかみ合わず微妙だということになったりする可能性があります。てゆーか高いです。
なので、私としても自分で記録しておくのが最も確実でシンプルかと思います。
以前実際に大規模アプリを作っていた時、特定の派生クラスとなる複数のウインドウのＺオーダーを正確に把握する必要が生じたときがあったのですが
その時もやはり自分でウインドウのＺ順を記録する方法をとっていました。（そしてそれはその状況下では、最もすんなりいく方法でした）
ただし、そのためだけにフックをしかけるというのは、少々コストがオーバーな気がしなくもないです。
その時はウインドウ移動時にＺ順が絡むだけであったので、ネイティブサイドのウインドウメッセージのWM_NCLDOWNとかの制御中でちょこっと入れ替えるのみで十分でしたが
今回の要件で、同様にして
しかも特定のフォームのうち1番トップにあるものを知りたい
だけである場合は、これはMainFormが影響を与える側となり、また
普通に2008 でC++/CLIでフォームを作ったらSystem::Windows::Forms::Formを継承してると思いますので
・MainFormに一つFormのハンドル（あるいは目的のフォームがさらに自分のカスタマイズ済みクラスから派生しているなら、その基底クラスのハンドル）をprivateメンバ変数として一つ持たせておくとかしといて
・FormA、FormB、FormC...の例えばActivatedが発生したときにMainFormのそのメンバを更新出来るような機構を作っておくとかすればそれだけで済んでしまうように感じます。
