YAS.sさん
ありがとうございます。
参考になりました。
NewWindow2の部分を
WebBrowser1 = New ExWebBrowser
Dim Browser1 As New Browser '独自フォーム
Browser1 = New Browser
Me.WebBrowser1.Dock = DockStyle.Fill
Browser1.Controls.Add(WebBrowser1)
Browser1.Visible = True
e.ppDisp = Me.WebBrowser1.Application
Me.WebBrowser1.RegisterAsBrowser = True
とすることで別ウィンドウで開けました。
ただ、これだと、元ウィンドウでNavigatingイベントを拾って処理をしていたのですが、
それが新しいウィンドウに移ってしまい、元のウィンドウで拾えなくなってしましました。。。
一難去ってまた一難です。もう少し考えてみます。
※関係ないですが、せっかくこういう処理を入れて、右クリックメニューを出さなくしても、
リンクを右ダブルクリックをすると IEが開いてしまうのですね。バグでしょうかね(笑)