外池です。
ここからは、気持ちの問題になってしまいますが・・・、ちょこころねにゃさんは、何を求めておられるのでしょうか？
Ａ）「こうすれば上手くいくらしい」という具体的な実装の方法論としての解決方法でしょうか？
Ｂ）それとも、OS、コンパイラ、アプリなどの仕様を積み上げて、「これならば上手くいくことになっている」という、なんと言いますか、仕様上のロジックとしての解決方法でしょうか？
現在のところ、データを吐き出すアプリ側の動作がブラックボックスである、とのことですので、私としては、Ａ）の線で、実証的に仕事を進められるしか方法はないと思います。Ｂ）は、ここまでの議論で破綻してしまっていますので、無理なのではないかと。
あと、暴論を言えば、「仕様」のハズが、実装のミスでそのように動いていないことも多々あるわけで、基本的にＢ）の考え方は「方針を立てる」時には良いのですが、最終的にはＡ）に頼らざるを得ないと思います。今の場合、「仕様」が「保証しません」というネガティブな情報なので、まぁ、どうしようもないわけですが。
私ならばA）で仕事をしますね・・・。A）で解決する線で、興味深いというか、情報をいただけると皆さんもアイデアを出しやすいと思う点は・・・、
データを吐き出すアプリは、毎秒、何バイトぐらいのデータをファイルに書き出すのでしょう？
そのファイルは、どのようなエンコードのデータなのでしょうか？ バイナリー？ ASCII？ 日本語交じりのShift_JIS?
1行（1レコード）あたり何文字とか、何バイトとか、決まったフォーマットに整えられたファイルでしょうか？
さらに言えばですね・・・、
計測器が吐き出すログをリアルタイムに処理しても結果が「保証」はできないとしても、計測の進捗というか、上手く行っているかどうかの「目安」としては意味のあることではないかと思います。一通りの測定が終わって、ログのファイルがクローズされた後、確定のための処理を再度流せば、最終的な結果も「保証」できることになりませんか？
