オーバーライドメソッド内で、基底クラスのメソッドをどこで呼ぶかは、既に回答が付いていますが、オーバーライドメソッド内で何をやりたいのかによって変わります。一番最初で呼ぶ必要があれば一番最初で呼ぶでしょうし、一番最後で呼ぶ必要があれば一番最後で呼ぶでしょうし、どちらでもよければ、どちらかで呼ぶことになります。オーバーライドメソッド内で基底クラスのメソッドをどこで呼ぶかは、決まっているものではありません。オーバーライドメソッド内で、オーバーライドしていない基底クラスの他のメソッドを呼ぶこともできます（C#では可能ですが、VBでもできるかは確信がありません）
たぶん、悩まれているのは、基底クラスのメソッドが何をしているのかはっきりわからないけど、とりあえず呼ばなければならないから呼んでいる状態だからでしょうか？
でも、もし、そのような状態であれば、オーバーライドではなく、イベントなどの他の方法で解決できないでしょうか？ 例えば、例に出されているOnEnterですが、Enterイベントで実装できないのでしょうか？ この場合ですと、OnEnterが実行されて、Enterイベントが発動されるというわかりやすい流れになります。
オーバーライドするということは、その基底クラスのメソッドが何をするのかを理解しており、その動きじゃ嫌だから、派生クラスで隠蔽して動作を変えるという流れになっているはずです。ですので、オーバーライドした段階で、基底クラスのメソッドがよくわからず、どの段階で呼んだらいいかというのはあまりないはずだと思うのですが・・・。Enterイベントではなく、OnEnterでされたということであれば、OnEnterの動作を変えたいという理由があると思うのです。
