こんにちは。
3年前ぐらいにAzureにFreeBSDアップロードしたことがある張本人ですが、今だとVMDepot経由でデプロイするのが一番お手軽です。
https://vmdepot.msopentech.com/List/Index?sort=Featured&search=FreeBSD
「Create Virtual Machine」ボタンや「Deployment Script」を使えばそのまま展開できます。
もしHyper-V上で作ったものをアップロードする場合はこのあたりのドキュメントを参考に汎用イメージ化する必要があります。
https://azure.microsoft.com/ja-jp/documentation/articles/virtual-machines-linux-capture-image/
※Linuxでの場合なので細かい部分やスクリプトがそのまま動かないかもしれませんが、、、
イメージにする必要がなくそのまま動作させるのであればDHCPにすること、Hyper-Vの世代1(Gen1)で作っておくこと、VMAgentを入れること(なくても動きますが)、VHD形式にすることなどがあります。またアップロード後、イメージの登録はポータル上でいう「イメージ」ではなく「ディスク」としてVHDを登録すればそのまま起動させることができるかと思います。