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WebBrowserコントロールでPDFファイルを開いているとエラーが起きます。

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これも以下と同じ問題のような気がします。なので対処法も同じ。
http://social.msdn.microsoft.com/Forums/ja-JP/vbgeneralja/thread/be6aaa97-e068-4b6d-95a4-8de757a3c7c6/
続けてNavigateするときは、
WebBrowser.Document.Src=PDFファイルのパス