IDの重複などが発生するため、一つのコレクションに統合させることはたぶんできません。
やるならば、TFS2012のバックアップデータをTFS2013側に別のコレクション名でリストアして、一台のサーバーで二つのコレクションを運用するという形になります。また、TFSのバージョンが異なるので、できればこのようにしたほうがいいと思います。
- TFS2012をTFS2013にアップグレードする(Updateのレベルもあわせておく)
- アップグレードしたデータをバックアップする
- バックアップデータをTFS2013にリストアする。このとき「新しい名前でリストア」を実行する。https://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/dd936158.aspx#Restore
TFSのリソースは若干消費しますが(IISのワーカープロセスが別途作成されます)、リソースの競合も発生しないので確実です。
Thanks, K.Kamegawa (http://kkamegawa.hatenablog.jp/)